ซูเปอร์สายลับ ไม่ได้เกิดมา...แต่ว่าฟักออกมาจากไข่ต่างหาก! แก๊งเพนกวินตัวแสบจอมขโมยซีนจาก "มาดากัสการ์" มาพร้อมภาพยนตร์ของเขาเอง พบ สคิปเปอร์, โควอลสกี้, ริโก้ และ ไพรเวท ยอดสายลับขององค์กร เดอะ นอร์ทวินด์ ภายใต้การบังคับบัญชาของเจ้าหน้าที่แคสสิไฟด์ (เบเนดิก คัมเบอร์แบทช์) เพื่อหยุดแผนทำลายโลกของ ดร.อ็อคตาเวียส ไบรน์